Как утверждают русские летописи, уже в ХII веке жители Великого Новгорода совершали плавание по северной части реки Оби и её левым притокам.
Интенсивное освоение рек Обь-Иртышского бассейна началось после похода в Сибирь в 1581 году дружины Ермака. Организация судоходства проходила в сложных условиях. На реке Иртыш судоходству препятствовали вооруженные группы ногайских татар, которые находились под властью последователей Кучума.
Важную роль в развитии судоходства на Иртыше сыграли перевозки соли с озер Ямыш и Коряковское.
Деревянные, парусные, гребные и коноводные суда в Обь-Иртышском бассейне стали заменяться пароходами только во второй половине XIX века.
В 1838 году в Тюмени купцом Наумом Тюфиным был построен первый пароход в Сибири «Основа».
В 1843 году пароход «Основа» совершил свой первый рейс с грузом из Тюмени до Тобольска. А уже в 1846 году было основано первое пароходство «Пароходство А.Ф.Поклевского-Козел и Ко», которое явилось родоначальником организованного судоходства в Западной Сибири.
В 1894 году в Сибири на реке Туре появилась первая землечерпальная машина «Сибирская-1».
ХХ век
После появления в России двигателей внутреннего сгорания на речном транспорте началось развиваться теплоходостроение. В 1911 году в Тюмени были построены первые два теплохода и уже в 1914 году насчитывалось 100 судов с двигателями внутреннего сгорания.
После победы Великой Октябрьской Социалистической революции г.Омск становится политическим и административным центром Западной Сибири, который взял на себя ответственность за организацию работы внутреннего водного транспорта в Обь-Иртышском бассейне, в 1918 году флот в бассейне был полностью национализирован.
В 20-е годы разрухи и голода речники Иртыша вписали в свою историю знаменитые карские экспедиции по доставке хлеба из Сибири в Архангельск.
В годы освоения целинных земель, начиная с 1954 года по Иртышу пошли караваны судов с хлебом. Объем перевозок которого в самый урожайный 1956 год составлял около 900 тыс.тонн.
Если до начала 60-х годов основной объем составляли перевозки лесных грузов в плотах и судах, угля и хлебных грузов, то в 1963 году начался новый этап в развитии пароходства, в связи с освоением нефтегазовых месторождений Западной Сибири. В навигацию 1964 года в Омск были доставлены первые 200 тыс.тонн сырой нефти. Максимальный объем сырой нефти был перевезен в 1967 году – 1.6 млн.тонн.
Количество флота в 1971 году по сравнению с 1964 годом удвоилось. В отдельные годы пароходство получало до 130 различных судов. На Север доставлялись нефтепродукты, детали домов, цемент, ЖБИ, щебень, ПГС, песок. С освоением нефтегазовых районов Западной Сибири развивалось и Иртышское пароходство. Объем перевозок грузов составил в 1982 году 28 млн.тн.
Развивалась и промышленная база пароходства. В 1965 году создана Иртышская ремонтно-эксплуатационная база флота для наливных судов.
На Омском ССРЗ строились буксирные теплоходы, осуществлялась сборка кранов.
Начиная с 1982 года в течение четырех лет Иртышское пароходство входило в состав Обь-Иртышского объединенного и обеспечивало перевозки на уровне 17,5-18,5 млн.тонн. В 1987 году Иртышское пароходство стало самостоятельным предприятием. На момент преобразования государственного предприятия «Иртышское ордена трудового Красного Знамени речное пароходство» в Акционерное Общество перевозки грузов в 1992 году составляли 5 млн.тн с грузооборотом 6.6 млрд.ткм, хотя потенциальные возможности иртышского флота намного больше. Спад производства во всех отраслях народного хозяйства, кризис экономики в России оказали негативное влияние на работу речного транспорта по всем направлениям; простаивает значительное количество флота в течение навигации, перегрузочная техника используется частично, практически прекращено судостроение. Можно надеяться, что с укреплением экономики России речной транспорт реализует свои потенциальные возможности в полной мере.
XXI век
На рубеже XXI века начала возрождаться российская экономика. Ожила Омская область и Север Тюменской области. Появились заказы и новые грузопотоки. Начали расти объемы перевозок нефтепродуктов и сухогрузов.
С 2000 года флот пароходства освоил перевозки сырой нефти с перевалкой на морские суда в Обской губе. В 2000 году, на рубеже двух веков, Комитет международной программы «Партнерство ради прогресса» наградило Иртышское пароходство почетным призом «Хрустальная Ника». Такой награды ПАО "Иртышское пароходство" удостоено за устойчивую динамику развития производства. За 2004 год ПАО "Иртышское пароходство" признано победителем в номинации «Лучшая судоходная компания России 2004 года».
В дальнейшем идет постепенное увеличение объемов перевозок. В 2007 году перевезено 1294,4 тыс. тонн грузов, рост на 4,3% относительно 2006 года. В навигацию 2008 года обеспечен государственный заказ по доставке грузов на Крайний Север и потребителям Омской области в объеме 1374 тыс. тонн, что выше ожидаемого на 5,6 %.
Наряду с производственными задачами, связанными с перевозкой грузов и ремонтом флота большое внимание пароходство уделяет увеличению заработной платы работников, плавсостава и береговых служб.
Несмотря на имеющиеся трудности, в 2007 году ПАО "Иртышское пароходство" в полной мере обеспечило устойчивое финансовое положение, своевременно выплачивая платежи в бюджет и внебюджетные фонды.
Пароходство тесно сотрудничает с Управлением социальной поддержки населения Администрации города Омска, помогая решать социально-значимые проблемы города Омска.
Активно проводимая социальная политика – свидетельство неустанной заботы компании о коллективе, ветеранах и участниках ВОВ.
Производятся выплаты рациона бесплатного питания экипажей судов, обеспечения спецодеждой, путевок в детские оздоровительные лагеря, материальной помощи, нуждающимся в лечении;получают материальную помощь бывшие работники пароходства ко Дню пожилого человека и ветераны Великой Отечественной Войны.
ПАО "Иртышское пароходство" оказывает помощь Иртышскому филиалу Новосибирской государственной академии водного транспорта. Средства пароходства используются на нужды образования, науки и развития материальной базы ВУЗа. Кроме того, пароходство установило именные стипендии для самых успешных студентов.
За достижения в организации социальной работы ПАО "Иртышское пароходство" в четвертый раз награждено грамотой по итогам Всероссийского конкурса «Российская организация высокой социальной эффективности», проводимою Правительством РФ.